蚯蚓小规模箱养或大型床养，饲料经多次添加，2～3个月后，就要分离粪粒和蚯蚓，而产在饲料中的卵茧也要和粪粒分开，分离方法有以下三大种。
蚯蚓养殖：蚯蚓冬季养殖，促生长繁殖，粪料发酵保温成本低
一、诱捕法
当蚓床基本粪化后，应及时停料，饲料加于蚓床两侧，以引诱成蚓进入新饲料中。待多数蚯蚓转入新饲料中，再清出含有卵茧的老饲料，最后合并老蚓床两侧的新饲料和蚯蚓。蚓粪、卵茧清出后，移入放有新饲料蚓床孵化。待幼蚓孵出，进入下层摄食新饲料，再将刮出上层蚓粪即可。
二、筐漏法
饲料经数次添加，成蚓密度极大，卵茧数量多，蚓床（箱）的饲料基本粪化，将蚯蚓和粪粒盛入底部带有网眼（1.2×1.2cm）铁丝网的木筐，利用蚯蚓畏光特性，使蚯蚓自动钻入底层。再用刮板逐层将粪粒、卵茧刮入料车，待蚯蚓透过网眼钻入下面新料层，多数蚯蚓会和粪粒分开。再将粪粒、卵茧移入孵化床，温度适宜时，约30～40天，卵茧即全部孵化。粪粒经筛选包装可作为花肥销售。
三、刮粪法
利用强光照射，诱使蚯蚓钻入下层，再用刮板一层层刮下蚓粪。直至蚯蚓集中于饲养床表面。取出蚓粪、卵茧移入孵化床孵化。孵出幼蚓后，用同样方法分离。
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