碘制剂在水产养殖中普遍使用，安全有效、刺激性弱，主要分为以下四种类型。
一、聚维酮碘
碘伏Ⅰ代优秀代表，常用规格10％，有效碘含量相当于1％。聚维酮碘杀菌广谱、杂质少，对多数细菌、真菌和病毒均有不同程度灭杀作用，但对真菌孢子和细菌芽孢作用较弱。多用于鱼卵和水生动物日常体表消毒，对病毒亦有不同程度的灭杀作用，偏酸条件下亦稳定，有效碘浓度相对较高，水体中有机质可减弱聚维酮碘的杀菌效果。
二、双链季铵盐络合碘
碘伏Ⅱ代的优秀代表，季铵盐是阳离子表面活性剂，可促使碘和细菌的结合，增效作用显著，二者联合施用可增强杀菌效果，成本较聚维酮碘低，且兼具清洗鱼鳃功效，抗有机物能力较强，水体有机物对其影响较小，日常多用于防治细菌性烂鳃、弧菌病。
有效碘含量一般低于2％，稳定性较聚维酮碘差，杂质也较聚维酮碘多。
三、蛋氨酸碘
蛋氨酸和碘的络合物，淡黄色粉末或黄棕色、红棕色液体，螯合碘含量大于1％，蛋氨酸含量大于4.3％，优于聚维酮碘和双链季铵盐络合碘。
同时，蛋氨酸是促进动物增长和强壮的必需物质，适合添加到饲料中。食品中有效碘含量相对偏低，价格稍贵，多用于环境消毒，成本较高。
四、复合碘
由碘、磷酸和表面活性剂制成的红棕色液体，有效碘含量最高可达2％，杀菌效果显著高于传统碘制剂，其中磷酸在复合碘中起增效作用，强酸和特殊的表面活性剂可降低水体PH值。所以，复合碘既可杀菌，又可降低PH值。
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